Sejarah Desa Pekalongan berasal dari kata peng-alongan yang berarti melempar,kata ini diambil dari sebuah cerita yang terjadi pada zaman dahulu bahwa ada sekelompok bajak laut yang suka mengganggu ketentraman warga yang mencari nafkah di laut mereka dikenal dengan nama Beju yang dalam kegiatannya sangat sadis terhadap orang yang berada dilaut,singkat cerita untuk mengusir suku beju tersebut masyarakat setempat melempari mereka dengan batu hingga perahu-perahu mereka hancur dan dibakar warga,dengan semangat dan kekompakan warga mereka sambil melempar berkata''along,along,along....."pelemparan dan pembakaran ini lah yang kemudian menjadi nama Pengalongan dan berubah menjadi Pekalongan.

Adapun kepala desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut :

1. Ba'bang (tahun 1952 s/d 1960)

2. Abd.Aban (tahun 1960 s/d 1972)

3. Ghazali (tahun 1972 s/d 1982)

4. Sapiri (tahun 1982 s/d 1992)

5. Fathurrahman,BA (tahun 1992 s/d 2007)

6. Siham (tahun 2007 s/d 2009)

7. Umar (tahun 2009 s/d 2015) dan (tahun 2015-2021)

8.Hariyono (tahun 2022 s/d 2027)